国际野生生物保护学会的历史要追溯到1895年4月26日， 纽约州特许建立纽约动物学协会（New York Zoological Society）。 作为美国首批保护组织之一的WCS开始运作，并拥有明确的目标：力做野生生物保护的先锋，促进动物学的研究，创建一流的动物园。

Andrew H. Green是WCS的创始人之一， 同时也是纽约市的创始人；Henry Fairfield Osborn是哥伦比亚大学教授， 也是美国自然历史博物馆的馆长。Theodore Roosevelt以及其它几位有名望的纽约人士都参与了该学会的创建工作。

WCS的总部“纽约动物学公园”（Bronx动物园）设立在纽约， 位于其文化设施附近，如美国自然历史博物馆。纽约城为建立这个新的动物园提供了用地， 并为建设和年度运转提供了部分资金。WCS的大部分建设和日常管理的资金来自私人捐助。 WCS还是企业选择的科学和管理的领导。这种市政府与自然保护组织之间的合作关系已经持续并完善了100多年。

为了尽快建立动物园，WCS选中了华盛顿国家动物园的奠基人， 自然学家William Hornaday先生为带头人，他挑选Bronx为动物园原址， 并选定了馆长、看护人及其它工作人员，于1899年11月8日开工建园。

Bronx动物园的成功建立使WCS与市政府的关系更加密切。 1902年，WCS接管了纽约水族馆，继而在曼哈顿建立炮台公园（Battery Park）， 20世纪50年代中期在布鲁克林康尼岛（Coney Island）建立了一座新的水族馆。

随后，纽约市又请求WCS更新和管理三个分别位于曼哈顿、布鲁克林和皇后区的市政设施。 继1992年布鲁克林前景动物园（Prospect Zoo）和1993年皇后动物园（Queens Zoo）开放后， 经过重新设计修建后的中央公园也于1988年开放。